電車遅延で派遣先への出社が遅れたとき、遅延証明書を添えても、派遣だと遅刻した分の給与を削られるのでしょうか？

雇用形態に関わらず、ノーワーク・ノーペイの原則にのっとり、電車遅延などで遅れた場合、遅刻した分の賃金は支払われません。「労働者が欠勤や遅刻などで仕事をしていない日や時間については、会社にその分の賃金を支払う義務は発生しない」と定めたのがノーワーク・ノーペイの原則です。これは正社員や派遣スタッフなどの雇用形態にかかわらず、当てはまります。
電車遅延での遅刻もご自身の都合で遅刻した場合も同じ扱いになります。タイムカードには実際にお仕事をされた時間を記入してください。